Pada awal pendirian diatas tanah wakaf  keluarga pendiri SD Islam “Al Mujahidin”. Dan pada saat pendaftaran ke pemerintah agak dipersulit,karena pada saat itu Sekolah Negeri sedang diadakan Re-Grouping. Namun hal tersebut tidak menghalangi sekolah berdiri karena tidak lama kemudian surat ijin pendirian tersebut dikeluarkan oleh Dinas Pemuda dan Kebudayaan CilacaP dengan Nomor : 420.2/5297/03/33 dan ditanda tangani kepala Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Kabupaten Cilacap.

            Pada awal berdirinya SD Islam Al Mujahidin menerima siswa sebanyak 18 siswa untuk tahun pelajaran 2006/2007. Dan yang lebih menggembirakan adalah adanya kepercayaan masyarakat yang sejak sekolah didirikan sampai dengan sekarang lebih meningkat.